Сбросы загрязняющих веществ со сточными водами производятся при обслуживании и подготовке вагонов к эксплуатации, связанной с их мойкой и промывкой.

В 2023 году сбросы загрязняющих веществ со сточными водами составили 273 тонн, что меньше на 4% уровня 2022 года (284 тонн).

Снижение объемов сбросов произошло за счет проведения текущего ремонта очистных сооружений филиалов АО «Теміржолсу» - «ТЖС-Аягоз» и «ТЖС-Мангистау», а также вследствие передачи объектов на участке станции Шу и Тараз в местные исполнительные органы в июне 2023 года.

Компания сбросы сточных вод осуществляет на поля фильтрации, отстойники-накопители. Водоотведение осуществляется в септик с фильтрующим колодцем. Сточные воды после очистки вывозятся для сброса в городскую канализацию. Компания не осуществляет сбросов загрязнённых вод в природные поверхностные водоемы.

Расчет норм предельно допустимого сброса производится на основании Экологического кодекса РК. 

Основными ингредиентами, загрязняющими водный объект, являются нефтепродукты, фенол, нитраты, нитриты, азот амонийный, взвешанные вещества, фосфаты, хлориды, сульфаты и т.д.